Совет Anthropic строже нашей настройки по умолчанию, и прочитать стоит оба. В её документации о режиме bypass сказано: «Only use this mode in isolated environments like containers, VMs, or dev containers without internet access, where Claude Code cannot damage your host system.» Там же сказано, что этот режим «offers no protection against prompt injection or unintended actions», и дана отсылка к режиму auto для фоновых проверок безопасности с гораздо меньшим числом запросов.
AgentsRoom по умолчанию использует Автономный, потому что его агенты часто работают без вас, на тикете, по расписанию или на шаге команды, где один остановившийся агент губит весь запуск. Это компромисс, а не функция безопасности: Автономный не песочница, и агент может удалить, запушить или отправить то, что позволяют его команды.
Разумные ограничения, если вы им пользуетесь: правила deny для того, что никогда не должно выполняться, например Bash(git push *), отдельный git worktree на агента, чтобы неудачный запуск оставался изолированным, ревью каждого агента перед любым коммитом и одноразовый сервер или контейнер для репозиториев, которым вы не доверяете. Там, где в пределах досягаемости есть учётные данные продакшена, выбирайте Ручной.